Поселення, як і Чернівці, вперше згадано в грамоті молдавського господаря Олександра Доброго — тільки не в 1408 р., а в 1431 р.
У 1696 р. нижню частину села, відділену річкою, купив шляхтич О. Їльський. Його прізвище досі збереглося у назві Красноїльська. Верхня ж частина називалася Красно Путна. В Красно Путні по дорозі до відомого монастиря в Путні (зараз територія Румунії) побував влітку 1871 р. великий румунський поет-романтик Міхай Емінеску.
В XIX — на початку XX століття в цих краях мешкала велика німецька колонія.
Красноїльськ як селище виник в 1968 р., коли об’єднали в один населений пункт два сусідніх прикордонних села.
